Филиал имеет:
- Саратовский отдел по водному хозяйству; – местонахождение : 410002, Россия, г. Саратов, пл. Соборная, д. 16;
- Астраханский отдел по водному хозяйству; – местонахождение: 414024, Россия, г. Астрахань, Советский район, ул. Набережная реки Царева, д.1.
и эксплуатационные участки:
- в г. Волгограде – отдел мониторинга водных объектов, отдел оперативных дежурных, отдел бухгалтерского учета и планирования – местонахождение: 400087, г. Волгоград, ул. Новороссийская д.6 ,
- в г. Волжском, в балке Осадная – база отстоя технического флота;
- в п. Ерзовка – административное головное подразделение.